Andrés, un joven a punto de quedarse sin subsidio por desempleo, mata de tres tiros a un miembro de la izquierda abertzale en una manifestación. Estamos a comienzos del siglo XXI y el asesinato remueve los cimientos sociopolíticos del país. El caso pasa a manos de Vidal, inspector de la Unidad Antiterrorista de la Ertzaintza, cuya vida ha dado un vuelco tras la marcha de su pareja.
Ausentes del cielo es la historia de dos amores insatisfechos: el de Andrés, incapaz de mostrar sus sentimientos hacia Puri, y el de Vidal, enamorado aún de Nuria, a quien dejó escapar por culpa de su trabajo. Dos hombres unidos por la investigación de un crimen y por su insatisfacción vital.